Trên bình diện quốc tế, YMCA được tổ chức theo mô hình liên hiệp nối kết những chi hội địa phương và các phong trào YMCA cấp quốc gia. Tại hầu hết các quốc gia, những chi hội YMCA địa phương chỉ ràng buộc với nhau trong sách lược và phương hướng chung.

Cấu trúc điều hành của YMCA quốc tế tạo nên sự linh hoạt cho các chương trình hoạt động của các hiệp hội có mặt tại nhiều quốc gia, mỗi nơi có thể đề ra các chương trình khác nhau hầu có thể đáp ứng nhu cầu đa dạng của các cộng đồng tại địa phương.

Mặc dù nguồn gốc lịch sử của tổ chức gắn liền với các giá trị Cơ Đốc, hầu hết các chi hội YMCA địa phương khuyến khích sự tham gia, ngay cả vào vị trí lãnh đạo, của mọi người không phân biệt tôn giáo. Thiện nguyện viên và nhân viên địa phương chịu trách nhiệm điều hành các chi hội YMCA tại địa phương của họ.